Im 4. Jahrhundert brachte Gaudenzio von Novara das Christentum ins Bergell. Seine christliche Mission zog jedoch den Unmut der heidnischen Bevölkerung auf sich. Dies ging so weit, dass er schliesslich in Casaccia enthauptet wurde.

Gemäss der Legende hob Gaudenzio nach der Hinrichtung sein Haupt auf und trug es mit eigenen Händen bis zu einer Lichtung oberhalb von Casaccia. An dieser Stelle wurde später die San Gaudenzio geweihte Kirche gebaut.
Diese Kirche und das ihr angegliederte Hospiz wurden bis zur Reformation zu einem bedeutenden, im gesamten Alpenraum anerkannten Wallfahrtsort.

Erstmals erwähnt wird die Kirche San Gaudenzio im Jahr 831 im Reichsguturbar als Besitz des Klosters von Pfäfers, dem es auch 1116 noch gehörte. Seit 1460 ist die Kirche im Besitz der Talschaft Bergell.1514 wurde die alte Kirche niedergelegt und ein Neubau in Angriff genommen, der am 13. Mai 1518 mit fünf Altären und einem Friedhof neu geweiht wurde.
Im Jahre 1551 wurde San Gaudenzio von den Reformatoren geplündert. Danach diente die Kirche noch bis 1739 als Begräbniskirche. Seither zerfällt die einzige im spätgotischen Stil geschaffene Kirche des Bergells. Einzig der Künstler Giovanni Giacometti veranlasste 1925 Stabilisierungsarbeiten.